药物牙膏对口腔疾病虽有一定的疗效，但并不能包治所有的口腔疾病，如不对症选用药物牙膏，不仅不能达到治疗口腔疾患的目的，反而会产生一些副作用。如果长期使用抗菌消炎类牙膏，就会导致口腔中的致病菌产生抗药性，并且在杀灭一些致病菌的同时，将口腔中的正常细菌也杀灭了，这样不仅给疾病的治疗带来困难，还会使口腔产生新的感染和疾患。孩子处在生长发育阶段，抵抗力低，免疫功能尚不健全，口腔黏膜特别娇嫩，许多药物牙膏中含有生物碱和刺激性强的物质，长期使用，会损害孩子口腔内的黏膜，还会因长期不断地较强烈刺激造成口唇、口腔、舌头、牙龈、咽喉等处的炎症。有的药物牙膏有很浓的苦辣味，这种异味常会使人胃肠不适，有的药物牙膏会有一定的染色素，长期使用可使牙齿失去光泽。
我们目前使用的牙膏中，都有摩擦剂、发泡剂、稠化剂、温化剂、调味剂、防腐剂等，其中含有磷酸盐、碳酸钙、碳酸镁等化学物质，孩子在刷牙时不善于通过漱口将牙膏残液清除或清除不彻底，就会将残液摄入体内，如果这些残液中的化学物质在孩子体内滞留过多，就会出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，引起胃肠炎，天长日久给孩子的生长发育、身体健康带来不利的影响。
因此，孩子刷牙时最好不用药物牙膏。用普通的儿童牙膏时，要训练孩子学会清水漱口，尽可能地将牙膏残液清除干净。对于年龄小、初学刷牙的孩子，可以不用牙膏，待孩子稍大会刷牙，并能较好地清除牙膏残液时再使用牙膏。