皮蛋的营养成份与一般的蛋蛮相近的，并且腌制的过程经过了强碱的作用，所以使蛋白质及脂质分解，变得较容易消化吸收，胆固醇也变得较少。并且使用了铁剂来腌制，所以铁质的含量也变高。不过维生素B群及必需氨基酸则被破坏了.
传统的皮蛋在腌制过程中，常在浸渍液中添加铅或铜等重金属，以使蛋白质凝固。按照台湾卫生署规定，皮蛋含铅量不得超过2ppm、含铜量不得超过8ppm，且农政单位也辅导业者生产优良皮蛋，使含铅量不得超过0.3ppm、含铜量不得超过5ppm，所以合格厂商的浸渍液多不添加重金属，或是含量很少但不至于致癌.